La investigación de Robotnik fue financiada por la Federación Unida (la Sónico equivalente de los Estados Unidos). Inicialmente fue concebido como un medio para crear un arma viviente, aunque la motivación personal de Robotnik era salvar a María. Durante su investigación, Robotnik creó dos seres inmortales: Shadow y un prototipo reptil gigante llamado Biolizard. A diferencia de Shadow, el Biolizard era violento e incontrolable, un Y una vez que la Federación Unida se enteró, se tomó la decisión de cerrar el proyecto y eliminar a cualquiera que supiera de él. Un escuadrón de soldados de GUN (Unidad Guardiana de las Naciones) fue desplegado en la estación, arrestando a Robotnik, matando a investigadores y evacuando civiles. Sin embargo, un civil quedó atrapado en el fuego cruzado: María.
Diferentes versiones de la historia de Shadow a lo largo de los juegos y el universo extendido representan la muerte de María de manera diferente. El juego de 2005 Sombra el erizo muestra a un soldado con arma disparándole a sangre fría, mientras Sonic X El anime muestra que él la mata cuando ella se niega a cumplir sus órdenes. ¿Qué estaba haciendo que ellos encontraron tan objetable? Ella estaba enviando a Sombra a la Tierra para salvarlo de la matanza.
Con su último aliento, le pide a Shadow que traiga esperanza a la humanidad mientras es enviado a la Tierra en una cápsula de escape. Uno pensaría que ese deseo habría llevado a Shadow a salvar el mundo en lugar de intentar destruirlo. Entonces, ¿qué pasó?
Como se revela a lo largo de Aventura sónica 2Robotnik se volvió loco después de la pérdida de María y su investigación. Incluso mientras estaba encarcelado por GUN y continuaba su trabajo bajo una supervisión más estricta, el doctor comenzó a planear su venganza. Si no podía salvar a María, destruiría a los humanos que le quitaron todo. Esto incluyó lavarle el cerebro a Shadow para que olvidara el último deseo de María, y en lugar de eso, lo recordara erróneamente como si ella le estuviera pidiendo venganza.
Shadow fue finalmente capturado por GUN y puesto en estasis, donde permanecería durante 50 años. Finalmente, despertado por Eggman todos esos años después, manipuló al doctor para que trajera las siete Esmeraldas del Caos a los restos de la Colonia Espacial Ark, alegando que quería usar la energía de las piedras para alimentar el poderoso Cañón Eclipse de la estación y amenazar a la gente de la Tierra hasta la sumisión. Pero en verdad, su plan era usar las esmeraldas para poner la estación en curso de colisión con el planeta, destruyéndolo a él y a toda la humanidad.
Shadow casi lo logró también, antes de que Amy Rose, la no novia de Sonic, le recordara el verdadero deseo de María. Luego se unió al resto de nuestros héroes para detener el descenso del Arca usando las Esmeraldas del Caos para derrotar al Biolagarto que había surgido de su prisión en las profundidades de la estación. Luego, después de haber usado todo su poder para estabilizar el Arca, cayó a la Tierra. El resto de nuestros héroes lo lloraron, pero celebraron que fuera capaz de llevar a cabo el deseo de María.